Sognenavnet optræder muligvis allerede 1231 i Kong Valdemars Jordebog under formen »Øræn«.1 1255
blev Harboøre (»harthboøræ«) af Christoffer I overladt til Ribebispen som erstatning for de jorder, der
var blevet sat under vand af kronens mølle i Ribe. I Ribe Oldemoder er kirken (»harthboør«) o. 1350
ansat til 4 skilling sølv, hvilket svarer til middeltakseringen blandt kirkerne i Skodborg Herred, hvor den
hørte til i ældre tid.3 Det lavtliggende sogn synes, i hvert fald fra 1500-tallet, at have været jævnligt udsat
for ‘havgange og sandflugt’, hvilket o. 1550 gjorde det nødvendigt for præsten at flytte til nabosognet, Engbjerg.
4 Dette er antagelig en væsentlig bevæggrund for, at Harboøre som led i den kirkelige reorganisering
under Christian III 1555 netop foresloges lagt under Engbjerg Sogn (s. 1333). Samtidig befaledes
kirken nedbrudt, idet materialerne skulle anvendessidstnævnte beslutning af ukendte årsager ikke blev
effektueret, bestod annekteringen under det mindre nabosogn helt frem til 1810.
Af kirkeregnskaberne fra 1600-tallets første årtier fremgår, at sognefolket i vid udstrækning bidrog med
frivillige pengegaver til kirkens forbedring, bl.a. i kølvandet på den store pest 1602. En donation med karakter
af en votivgave kom bl.a. fra Mads Christensen Sand i Vejlby, der fra 1642 og for resten af sin levetid lovede
at skænke kirken indtægterne af årets første fangst i håbet om, at »Gud Aller[naadigst] sparre hans Skiib,
och Helbred«.6 1671 solgtes Harboøre sammen med et flertal af områdets kirker af kronen til generalmajor
Henrik Ruse (Rüsensteen) og blev året efter lagt ind under det nyoprettede baroni, Rysensteen.7 Ejerskabet
under slægten Juul-Rysensteen (Juel af Rysensteen, jf. s. 813) ophørte 1798, to år efter baroniets ophævelse,da kirken med tilhørende kaldsret afhændedes til Peter Severin Fønss til Løvenholm og Ulrik Christian von Schmidten til Urup.8 1801 videresolgte de Harboøre til et andet konsortium, der omfattede byfoged i Lemvig, Hans Jacob Lindahl, birkeskriver i Rysensteen Birk, Arent Peder Warelmann, købmand i Lemvig, Christen Christensen Aggersborg og gårdejer Lars Sørensen i Dybe.
Allerede 1802 påbegyndte konsortiet bortsalget af kirketienden til sognemændene og birkedommer Bendix Ahlefeldt Claudi (Claudis andel blev dog erhvervet af kirkens sognepræst, Peder Høyland). Hele transaktionen var afsluttet 1809.9 Kaldsretten tilhørte dog kongen siden 1802.